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INVIEW Microbiome

Bestimmen Sie die Mikroorganismen in Ihrer Probe

Unsere INVIEW Microbiome Profiling-Lösung bietet eine hochsensitive Identifizierung und Klassifizierung von Bakterien, Pilzen und Archaeen, einschließlich 16S-, 18S- und ITS-Studien, sowie Populationsanalysen für eine Vielzahl von Umwelt-, Lebensmittel- und klinischen Proben.

Eurofins Genomics amplifiziert und sequenziert bis zu <570 bp der hypervariablen Regionen der 16S- und 18S-rRNA-Gene sowie des Internal Transcribed Spacer (ITS)-Gens von Pilzen. Sollte Ihr Ziel nicht durch etablierte Primer-Sets abgedeckt sein, bieten wir einen maßgeschneiderten Implementierungsservice, um Ihre Anforderungen zu erfüllen.

Wählen Sie unsere Standardoption, die ca. 20.000 Reads pro Probe (ohne Garantie) bereitstellt, oder entscheiden Sie sich für unsere Premium-Pakete mit garantierten 60.000 Reads für verbesserte Datenqualität zu wettbewerbsfähigen Preisen.

Für 16S-Vollsequenzierungen nutzen Sie bitte unseren neuen V1V9-16S-Long-Read-Sequenzierungsservice hier.

Wenn Sie Ihre eigenen 16S-, 18S- oder ITS-Amplicons vorbereiten, empfehlen wir die Nutzung unserer Amplicon-Sequenzierungsdienste (Illumina & ONT).

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Höhepunkte

Kein Limit bei der Anzahl der Proben
Ultragünstige Preise bei mehr als 192 Proben pro Charge
Erzeugung von 1 bis 4 Amplicons pro DNA-Probe (Auswahl aus unserer Ziel-Liste)
Illumina-Sequenzierung mit 2 x 300 bp Paired-End-Read-Modul
Durchführung der Dienstleistungen in ISO17025-zertifizierten Laboren
Umfassende Bioinformatik-Dienste und interaktive Analyseberichte
Datentransfer über sichere FTP-Verbindungen

Anwendungen & Services

Wir bieten optionale Bioinformatik-Dienstleistungen an, einschließlich Trimming und Zusammenführung überlappender Paired-End-Reads sowie umfassendes 16S-Mikrobiom-Profiling mit Taxon-Identifikation.
Für unseren optionalen DNA-Isolierungsservice verwenden Sie bitte unseren Probenvorbereitungs-Guide.

Proben mit einem höheren Biosicherheitsniveau als S2 werden nicht akzeptiert. GVOs (gentechnisch veränderte Organismen) werden nur mit Sicherheitsstufe S1 akzeptiert.

>> FAQ's MiKrobiom

>> NGS Prepaid Coupons

>> Proben- vorbereitung

>> 16S Voll-Längen Sequenzierung

Produktspezifikationen & Bestellung

Spezifikationen	Premium - 60k Read Paare	Standard - 20k Read Paare	Hochdurchsatz- 20k Read Paare
Anzahl Proben	Ab 1 Probe	Ab 12 Proben	Ab 184 Proben
Lauf-Modus	2 x 300 bp	2 x 300 bp	2 x 300 bp
Read-Menge	60k Read Paare	20k Read Paare	20k Read Paare
Garantierte Reads	Ja	Nein	Nein
Zielregion-Auswahl	Standard & nicht-standard Zielregionen	Standard & nicht-standard Zielregionen	Standard & nicht-standard Zielregionen
Trimming & merging von überlappenden Reads	Optional	Optional	Included
Mikrobiom-Analyse	Optional	Optional	Optional

Spezifikationen

Erzeugung von 1 – 4 Amplicons pro DNA-Probe (Auswahl aus unserer Ziel-Liste)
Qualitätskontrolle nach zielgerichteter Amplifikation
Pooling und Normalisierung der Amplicons
Sequenzierung auf Illuminas MiSeq mit dem 2 x 300 bp Paired-End-Read-Modul
Bereitstellung von durchschnittlich 20.000 Read-Paaren oder garantierten 60.000 Read-Paaren pro Amplicon (+/- 3 %)

Ausgangsmaterial

Probentyp: Gereinigte DNA
Reinheit (OD260/280): 1,8–2,0
Volumen: Für 1 Ziel: 20 µL
Für jedes zusätzliche Ziel: +10 µL (z. B. 50 µL für 4 Ziele)
Konzentration: 10–50 ng/µL
Mindestmenge: 200 ng
Resuspensionspuffer: Wasser, EB oder Low TE (<0,1 mM EDTA)
Format: Barcode-beschriftete Röhrchen oder Platten
Versandmethode: Raumtemperatur/Eis

Röhrchen / Tube format: 1,5 ml Safe-Lock-Röhrchen

Plattenformat: Eppendorf twin.tec PCR Platte 96, semi-skirted; Positionen G12 & H12 leer lassen

Standard - Zielregionen

Falls Ihr Ziel nicht durch unsere etablierten Standard- oder Nicht-Standard-Primer-Sets abgedeckt ist, bieten wir einen maßgeschneiderten Implementierungsservice, um Ihre Anforderungen zu erfüllen.

Organism	Gene	Region	Primer Name	Amplicon Length (bp)	Primer Sequence	Orientation	Reference
Bacteria	16S	V1-V3	27F	500	AGAGTTTGATCATGGCTCAG	F	Weisburg et al., 1991
Bacteria	16S	V1-V3	530R	500	GTATTACCGCGGCTGCTG	R	Leser T.D. et al., 2002
Bacteria	16S	V3-V4	347F	430	TACGGGAGGCAGCAG	F	Turner et al., 1999
Bacteria	16S	V3-V4	800R	430	CCAGGGTATCTAATCC	R	Kisand et al., 2002
Bacteria	16S	V3-V5	341F	570	CCTACGGGNGGCWGCAG	F	Herlemann et al., 2011
Bacteria	16S	V3-V5	926R	570	CCGYCAATTYMTTTRAGTTT	R	Quince et al., 2011, EMP
Archaea	16S	V3-V4	340F	450	CCCTAYGGGGYGCASCAG	F	Gantner et al. 2011
Archaea	16S	V3-V4	806R	450	GGACTACNVGGGTWTCTAAT	R	Apprill et al., 2015
Fungi	ITS1		ITS5F	100-1000*	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG	F	White et al., 1990
Fungi	ITS1		ITS2R	100-1000*	GCTGCGTTCTTCATCGATGC	R	White et al., 1990
Fungi	ITS2		ITSbF	100-800*	GCATCGATGAAGAACGCAGC	F	White et al., 1990
Fungi	ITS2		ITSbR	100-800*	TCCTCCGCTTATTGATATGC	R	White et al., 1990

* Die Länge der ITS-Region bei Pilzen kann je nach spezifischer Spezies erheblich variieren.

Nicht-standard Zielregionen

Organism	Gene	Region	Primer Name	Amplicon Length (bp)	Primer Sequence	Orientation	Reference
Bacteria	16S	V4	515F	270	GTGYCAGCMGCCGCGGTAA	F	Parada et al., 2016
Bacteria	16S	V4	806R	270	GGACTACNVGGGTWTCTAAT	R	Apprill et al., 2015
Bacteria	16S	V1-V3	27F	500	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG	F	Walker et al., 2015
Bacteria	16S	V1-V3	534R	500	ATTACCGCGGCTGCTGG	R	Muyzer et al., 1993
Bacteria	16S	V3-V4	341F	450	CCTACGGGNGGCWGCAG	F	Herlemann et al., 2011
Bacteria	16S	V3-V4	806R	450	GGACTACNVGGGTWTCTAAT	R	Apprill et al., 2015
Bacteria	16S	V3-V4	341F	450	CCTACGGGNGGCWGCAG	F	Herlemann et al., 2011
Bacteria	16S	V3-V4	805R	450	GACTACHVGGGTATCTAATCC	R	Nalashenkov et al., 2021
Fungi	18S		FungiF1_F	340*	GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCT	F	in-house developed
Fungi	18S		FungiF1_R	340*	CCTGTATCAGTATTTATTGTCACTAC	R	in-house developed
Fungi	ITS1		ITS1F	100-1000*	TCCGTAGGTGAACCTGCGG	F	White et al., 1990
Fungi	ITS1		ITS2R	100-1000*	GCTGCGTTCTTCATCGATGC	R	White et al., 1990
Fungi	ITS2		fITS7F	100-800*	GTGARTCATCGAATCTTTG	F	Ihrmark et al, 2012
Fungi	ITS2		ITSbR	100-800*	TCCTCCGCTTATTGATATGC	R	White et al. 1990

* Die Länge der ITS-Region bei Pilzen kann je nach spezifischer Spezies erheblich variieren.

Lieferumfang

Liste der gelieferten Ergebnisse: Rohdaten:

FASTQ-Dateien
Optional: Getrimmte und zusammengeführte FASTQ-Dateien
Optional: Analyse für umfassendes Mikrobiom-Profiling:
- Umfassender Profiling-Bericht (.PDF) Taxonomie-Tabellen (.TXT)
- OTU-Tabellen (inklusive normalisierter Abundanzschätzung) (.TXT, .BIOM)
- Lese-Sequenzen der OTU-Vertreter (.FASTA)
- Verarbeitete Lese-Sequenzen, die in den OTU-Auswahlprozess einfließen (.FASTA)
- Taxonomie-Diagramme
- Einblick in unseren Mikrobiom-Analysebericht unten verfügbar.