INVIEW Oncoprofiling

Validiertes Krebspanel zur Analyse von 728 wichtigen krebs-spezifischen Genen aus Gewebebiopsie-Proben und genomischer DNA

INVIEW Oncoprofiling (728) ist das umfassendste Genpanel, das für die optimierte Erkennung tumor-spezifischer genomischer Veränderungen verfügbar ist. Das Onkologie-Panel ist für formalinfixierte Paraffin-eingebettete (FFPE) oder frisch eingefrorene Gewebe-Proben sowie genomische DNA-Proben optimiert, um genaue genomische Informationen über den Status klinisch relevanter treibender Mutationen zu liefern. Dieses Panel für feste Tumore deckt einheitlich und reproduzierbar die gesamten Exons von etwa 728 charakterisierten Krebsgenen ab, einschließlich Tumoraktivatoren, Tumorsuppressoren und Biomarker für Arzneimittelresistenz.

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Industrieoptimiert

Anwendungen

Vergleichende Analyse von Daten aus Gewebebiopsie und Liquid Biopsie (INVIEW Liquid Biopsy Oncoprofiling)
Krebs-Screening durch Erkennung von bekannten tumorassoziierten Mutationen wie Treibermutationen
Bestimmung der wichtigsten Mutationen für weitere Studien
Einschätzung der Immuntherapie-Reaktion mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren über die Analyse des Tumormutationslast (TMB) Biomarkers mit nur Tumorproben (ein gepaartes gesundes/normalens Kontrollmuster ist nicht unbedingt erforderlich)

INVIEW Oncoprofiling 728 eignet sich für klinische Anwendungen wie:

Molekulare Stratifikation
Erkennung von Resistenzgenen
Orientierungshilfe für Behandlungsentscheidungen
Zuordnung von Patienten zu klinischen Studien
Nachsorge nach der Behandlung, insbesondere zur Überwachung von mehreren Mutationen

Besonderheiten

Hochgradig gleichmäßige Abdeckung aller Exons in 728 krebsassoziierten Genen
Erkennung relevanter Einzelnukleotidvariationen (SNVs) und Insertionen und Deletionen (InDels), struktureller Umordnungen und Kopienzahlvariationen (CNV) in Genen, ausgewählten Promotorregionen, miRNAs und extra-exonischen Varianten
Bestimmung des Tumormutationslast (TMB)-Status des Patienten
Ultrasensitive Nachweisgrenzen bis zu einer Allelfrequenz von 1%
Eigene Protokolle für die Bibliotheksvorbereitung von geringen DNA-Eingabemengen aus anspruchsvollen Gewebe- und FFPE-Proben

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Produktspezifikationen & Bestellung

Produktdetails

Validiertes Next-Generation-Sequenzierungs (NGS) Krebsgen-Panel zur Analyse wichtiger tumorassoziierter Mutationen in 728 protein-codierenden Genen, ausgewählten Promotorregionen, miRNAs und 282 extra-exonischen Varianten (Introns, regulatorische Regionen, nicht-übersetzte Regionen (UTRs) und intergenische Regionen)
Reproduzierbare Erkennung von Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs), Insertionen und Deletionen (InDels)
Bestimmung der Tumormutationslast (TMB) basierend auf allen kodierenden synonymer und nicht-synonymer geeigneter somatischer Mutationen mit in silico Filterung bekannter und vorhergesagter Keimbahnvarianten
Hoch effiziente Zielanreicherung mit neuester Agilent SureSelect Technologie
Die Zielanreicherungsmethode übertrifft die häufige PCR-basierte Anreicherung mit sehr gleichmäßiger Abdeckung und allen Exons der abgedeckten Gene
Führende Sequenzabdeckung und Gleichmäßigkeit in der Branche
Detektion von Varianten mit Sensitivität bis zu 1%^#
Optimierte Protokolle für die Bibliotheksvorbereitung von geringen DNA-Eingabemengen aus FFPE- oder frisch gefrorenen Gewebe-Proben
Mögliche Analyse von Kopienzahlvariationen (CNVs)*

*Die CNV-Analyse sollte in einer gepaarten Analyse von Tumor versus abgeglichenes normales Gewebe durchgeführt werden, das als Referenz verwendet wird. Im Falle von FFPE-Tumorproben empfehlen wir dringend das Senden einer FFPE-Proben eines gesunden Gewebes vom selben Patienten. Alternativ können FFPE-Tumorproben von mindestens sieben anderen Patienten gesendet werden.

^#Je nach Qualität der Eingabe-DNA und genomischer Region kann die LOD möglicherweise >1% sein

Bei frischem Gefriergewebe empfehlen wir dringend, dass Blut oder gesundes Gewebe vom selben Patienten gesendet wird. Alternativ wird frisches Gefriergewebe von mindestens sieben anderen Patienten oder Kontrollen empfohlen.

Akzeptiertes Ausgangsmaterial

DNA
FFPE tissue
Fresh-frozen tissue

Verwendete Technologie

Auf Hybridisierung basierte Erfassung von Zielstrukturen mit optimierten Protokollen von GATC und der hochmodernen Technologie SureSelect von Agilent
Next Generation Sequenzierung auf der Illumina-Plattform

Gelieferte Ergebnisse

FastQ-Dateien (Sequenzen und Qualitätswerte)
Alignment-Datei (BAM)
SNP- und InDel-Tabellen einschließlich annotierter Varianten und Auswirkungen (VCF, TSV, BED)
Tabellen über Gewinn- und Verlust-Ereignisse der Genkopien (tsv)
Tabelle der Genfusionsereignisse (tsv)
Umfassender Datenanalysebericht (PDF)

Weiterführende Links

Complete portfolio overview for Oncology

Blog article: Human exome sequencing with lower coverage and better costs

Blog article: How to handle clinical samples for successful exome sequencing