NGS Anwendungen

Klonale Amplikonsequenzierung

Lineare / Klonale Amplikon-Sequenzierung schnell & günstig.

Die Long-Read-Klonal-/Lineare-Amplikon-Sequenzierung ist ein speziell entwickelter Service für Wissenschaftler, die eine Voll-Längen-Sequenzierung und Annotation von klonalen, linearen, doppelsträngigen DNA-Molekülen mit einer Länge von 500 bp - 25 kb unter Verwendung von Oxford Nanopore Technologies durchführen möchten. Ein klonales Amplicon ist ein PCR-Produkt, das von einem einzelnen DNA- oder cDNA-Template-Molekül oder einer genetisch identischen Gruppe von Molekülen stammt. Das PCR-Amplicon sollte ein spezifisches Amplikon-Produkt sein, d.h. eine einzelne Bande auf einem Agarose-Gel oder ein ähnliches QC-Ergebnis. Für nicht-klonale Amplicons (z.B. unspezifische PCR-Reaktionen oder Mischungen) empfehlen wir stattdessen die Einreichung bei unserem Custom Long-Read Amplicon Sequencing Service.

Nutzen Sie die extrem niedrigen Preise von 15€ pro Probe und die außergewöhnlich schnelle Bearbeitungszeit von 1-3 Tagen.

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Anwendungen

Klonale Volllängen Amplikonsequenzierung
Amplikon-Assemblierung, Amplikon-Karte & Kontrolle auf Reinheit des klonalen Amplikons
Sequenzierung von GC-reichen oder Hairpin-Regionen

Spezifikationen

Amplikon-Größe: 500 bp- 25 kb
Kostenloser Probenversand über unsere Dropboxen möglich
Prepaid Option ist vorhanden
Bibliotheken Herstellung (Amplifikations-frei, nur minimale Fragmentierung); mittels v14 "library prep" Chemie
Sequenzierung mittels Oxford Nanopore GridION (flow cell R10.4.1)
Rohdaten zur Erstellung einer hochpräzisen linearen Konsensussequenz
Bioinformatische Analyse inkludiert
Nicht geeignet für ssDNA

>> FAQ's Klonale amplikons

>> Trouble- shooting

>> Einlösen der coupons

>> Sequenzier- Accessories

Produktspezifikationen & Bestellung

Lieferumfang

Datenanalysebericht im HTML-Format
Amplicon-Assembly (FASTQ- und FASTA-Format) & Amplicon-Feature-Karte
Klonale Reinheitsprüfung des Amplicons; Basisgenaue Qualitätsbewertung mit Vertrauensscore
Annotierte Amplicon-Sequenz im GENBANK-Format
Annotierte Feature-Tabelle, einschließlich der Nukleotidsequenz jeder Funktion
Qualitätskontrolle der Sequenzierdaten

Ihre Daten werden sicher über Ihr Ecom-Konto bereitgestellt.

Keine Auslieferung der Pod5 und FASTQ Dateien, die nicht zur Konsensus zuzuordnen sind.

Falls Sie die Pod5 oder auch FASTQ Dateien benötigen, die nicht der Konsensus-Sequenz zugeordnet werden können, dann kontaktieren Sie uns bitte bezüglich unseres Premium-Services.

Ausgangsmaterial

Amplicon-Größe: 500 bp - 25 kb
Probentyp: gereinigte PCR-Produkte
Reinheit (OD260/280): 1,8-2,0
Volumen: 20 µL
Konzentration: 30 ng/µl
Mindestmenge: 600 ng
Resuspensionspuffer: Wasser, EB oder niedriges TE (<0,1 mM EDTA)
Format: Barcode-beschriftete 1,5 ml Safe-Lock-Tubes
Versandmethode: Raumtemperatur

Probenvorbereitung und -Versand

Bitte liefern Sie uns Ihre Proben in Konzentration und Volumen wie folgt:

Konzentration: 30 ng/µl*

Volumen: 20 µl

Amplikonlänge: 0.5 - 25 kb

Bitte senden Sie uns Ihre Proben wie unten beschrieben:

Verwenden Sie 1,5ml „Safe Lock“-Tubes für Ihre Plasmide
Als Puffer für Ihre Proben verwenden Sie bitte Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5)
Bitte verwenden Sie keine spektrophotometrische Methode für die Quantifizierung (zBsp Nanodrop). Die Werte schwanken zu stark. Bitte verwenden Sie stattdessen eine fluormetrische Methode, wie zum Beispiel Qubit. Nur so kann eine gute Datenqualität am Ende sichergestellt werden.
Verkleben oder umwickeln Sie Ihre Tubes nicht mit Parafilm. „Safe Lock“-Tubes sind viel besser geeignet, denn sie schließen perfekt ab und schützen vor Verdunstung
Etikettieren Sie Ihre Proben mit unseren kostenfreien Barcode Labels. Bringen Sie das Etikett horizontal an

Wie und wohin Sie Ihre Proben versenden:

Nutzen Sie entweder eine DropBox in Ihrer Nähe zur kostenlosen Probenabholung oder einen Kurierdienst Ihrer Wahl
Für den Versand Ihrer Proben können Sie bequem eine unserer Versandoptionen nutzen
Um Ihre Proben sicher an uns zu senden, nutzen Sie unsere "Sample Paper Boxes" oder "Tube Bags"
Senden Sie Ihre Proben an unser Eurofins Genomics Sequenzierungslabor in Köln, Deutschland

*Proben die von unseren Konzentrationsanforderungen abweichen können dazu führen das kein Ergebnis erstellt werden kann. Es erfolgt keine Wiederholung der Probe bei falscher Konzentrations-Einstellung.

Literatur

Demo report für klonale Amplikon-Sequenzierung