Custom Long-Read Amplikon Sequenzierung

Custom Long-Read Amplikonsequenzierung

Kundenspezifische Long-Read-Amplicon-Sequenzierung mit der Oxford Nanopore Technologie.

Die Long-Read-Amplikon-Sequenzierung ist ein speziell entwickelter Service für Wissenschaftler, die eine Voll-Längen-Sequenzierung und Annotation von komplexen Amplikons mit einer Länge von 500 bp - 25 kb unter Verwendung der Oxford Nanopore Technologie durchführen möchten.

Ein komplexes Amplikon ist ein PCR-Produkt, das durch hohe genetische Variabilität, strukturelle Variationen oder gemischte Populationen gekennzeichnet ist, wie sie in 16S rRNA-Studien vorkommen. Dies macht die Sequenzierung und Analyse anspruchsvoller.

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Anwendungen

16S-Mikrobiom-Analyse
Einzigartige Sequenzanalyse
Konsensus-Sequenzanalyse
Variantenanalyse - Keimbahn
Sequenzbereinigung
Wirtsentfernung
Pod5-Rohdatenauslieferung

Sequenzierung

Technologie: Oxford Nanopore GridION
Ausgabeleselänge: Entspricht der Fragmentlänge
Die "Custom Long Read" Amplikon-Sequenzierung verwendet eine FlowCell nur für Ihre Amplikons
Der Durchsatz hängt von der Anzahl der Amplicons und deren Länge ab
Normalerweise > 10.000 reads pro Probe

Spezifikationen

Ligation-basierte Bibliotheksvorbereitung (amplifikationsfrei) unter Verwendung der v14-Bibliotheksvorbereitungstechnologie
Bis zu 96 Proben pro Flow Cell
Sequenzierung mit Oxford Nanopore GridION (Flow Cell R10.4.1)
Breites Spektrum an optionalen Bioinformatik-Dienstleistungen
Nicht geeignet für ssDNA

>> FAQ's amplikons

>> Probenvorbereitung

Produktspezifikationen & Bestellung

Lieferumfang

Rohdaten der Nanopore-Amplikons (FASTQ)
Rohdaten der Nanopore-Sequenzierung (POD5) auf Anfrage verfügbar (zusätzliche Kosten)
Anpassbare Datenanalysepakte sind in unserem Bestellformular verfügbar, z.B. Variantenanalyse VCF-Datei

Ausgangsmaterial

Amplicon-Größe: 500 bp - 25 kb
Probentyp: gereinigte PCR-Produkte
Reinheit (OD260/280): 1,8-2,0
Volumen: 20 µL
Konzentration: 30 ng/µl
Mindestmenge: 600 ng
Resuspensionspuffer: Wasser, EB oder niedriges TE (<0,1 mM EDTA)
Format: Barcode-beschriftete 1,5 ml Safe-Lock-Tubes
Versandmethode: Raumtemperatur

Probenvorbereitung und -Versand

Eurofins akzeptiert gereinigte Amplicons. Für detaillierte Anforderungen zur Probenübermittlung besuchen Sie bitte unsere Richtlinien zur Probenübermittlung.

Literatur

Eurofins Zertifikat als ONT Service Provider