Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Allgemeine Fragen zur Probenübermittlung, Bestellung, zum Probenversand und zu Ergebnissen finden Sie hier:
Wie soll ich meine DNA aufreinigen?
Wir empfehlen die Aufreinigung mit kommerziell erhältlichen Kits - basieren auf DNA-bindenden Beads oder mit Säulen.
Wie berechne ich die benötigte Genom-Abdeckung (Coverage)?
Die Abdeckung wird mit folgender Formel berechnet:
(Read-Länge) × (Gesamtanzahl der Reads) ÷ (Genom-Größe).
Zum Beispiel: für die Sequenzierung eines 10Mb großen Genoms mit 20 M Reads bei einem Read-Modus von 2 x 150 bp beträgt die Abdeckung 60x.
Welche Datenausbeute benötige ich?
Abhängig von Ihrer Fragestellung / dem Projekt empfehlen wir folgende Genomabdeckung (Coverage):
- Keimbahn- und Analyse der häufigen Varianten: 20-50x
- Somatische Mutationen und seltene Varianten: 100-1000x
- De novo Assemblierung: 100-1000x