Die Cluster-Erkennungsalgorithmen von Illumina sind auf eine ausgewogene Verteilung der Nukleotide A, T, G und C optimiert. Jede Abweichung von dieser Gleichverteilung wirkt sich negativ auf die Menge und Qualität der erzeugten Sequenzierdaten aus.

Um die Nukleotidverteilung in der Bibliothek auszugleichen, wird bei Proben mit geringer Diversität oder unausgewogener Basenzusammensetzung (z. B. Amplicons, bisulfitkonvertierte Proben) ein Spike-in von 20 % PhiX (bei MiSeq) verwendet.

Das Ausmaß, in dem der negative Einfluss einer unausgewogenen Basenzusammensetzung durch den PhiX-Kontroll-Spike-in reduziert werden kann, hängt von den individuellen Eigenschaften der Probe und der Sequenz ab.

Weitere Informationen finden Sie auf der Website von Illumina.