Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Allgemeine Fragen zur Probenübermittlung, Bestellung, zum Probenversand und zu Ergebnissen finden Sie hier:
Wie soll ich meine Amplikons aufreinigen?
Wir empfehlen, Ihre Amplicons mit kommerziell erhältlichen Kits auf Basis von DNA-bindenden Beads oder Säulen oder durch enzymatische Reinigung aufzubereiten. Schicken Sie KEINE Primer mit Ihren Proben oder in Ihre Proben gemischt.
Welche Probenarten können für die Amplikon-Sequenzierung eingesendet werden?
Reichen Sie gereinigte PCR-Produkte mit einer Größen von 150–270 bp (NovaSeq) oder 280–570 bp (MiSeq) ein. Die Amplicons sollten idealerweise ein einzelnes Band auf einem Gel erzeugen, um optimale Ergebnisse zu gewährleisten.
Kann ich auch Amplikons schicken die größer oder kleiner sind als die Vorgaben?
Nein, es werden ausschließlich Amplikons innerhalb unserer Größenbereiche 150–270 bp für NovaSeq oder 280–570 bp für MiSeq) akzeptiert. Für größere Produkte empfehlen wir unsere ONT-Amplicon-Sequenzierungsdienste. Wenn Sie sich bei der Produktauswahl unsicher sind, wenden Sie sich bitte an Ihren Vertriebsmitarbeiter.
Wie kann ich mehrere Amplikons in einer Probe multiplexen?
Für 150–270 bp lange Amplicons, die auf unserer NovaSeq sequenziert werden, nutzen Sie bitte unser **Inline Tag Design Tool**: NGS Adapter Ligation Oligos (eurofinsgenomics.eu). Wählen Sie beim Bestellen den optionalen Service „Tag sorting – Eurofins Genomics Design“. Sie erhalten sortierte Sequenzen (FASTQ).
- **192 individuelle Inline-Tags** stehen zur Verfügung, jeweils bestehend aus 10 Nukleotiden, die dem Forward-Primer hinzugefügt werden.
- Es gibt einen minimalen Editierabstand von 4, um Fehlzuweisungen durch Sequenzierfehler zu vermeiden.
- Die Tags sind für sowohl kleine als auch große Probenpools optimiert.
- Alle "NGS-grade-Oligos" durchlaufen spezifische Prozesse, um eine kontaminationsfreie und hochreine Performance sicherzustellen.
- Für das Multiplexing von 24 Proben mit der gleichen Zielsequenz werden 24 Forward-Primer (jeder mit einem einzigartigen Inline-Tag) und ein Reverse-Primer (ohne Tags) benötigt.
Können wir für das Produkt NGSelect Amplicon auf dem MiSeq Amplikonproben einschicken, die aus mehreren verschiedenen Amplikons, generiert mit verschiedenen Primerpaaren bestehen?
Normalerweise würden Sie pro Probe 1 Amplikon senden, das mit 1 Primerpaar erzeugt wurde.
In einigen Fällen können jedoch weniger Reads pro Amplikon erforderlich sein, wie in der Projektspezifikation angegeben. In solchen Fällen können die einzelnen Amplikonproben, die Sie senden, auch aus mehreren Amplikons bestehen, die mit verschiedenen Primerpaaren generiert wurden. In diesem Fall werden wir jedoch keine Primersequenzen clippen.
Probenvorbereitung – für Amplicon-Sequenzierung auf Illumina (Short-Read). Welche Richtlinien gelten für die Probenübermittlung?
Amplikons auf NovaSeq:
Schicken Sie mindestens 25 µL gereinigte PCR-Produkte mit einer Größe von 150–270 bp, mit einer Konzentration von > 4 ng/µL und einer Reinheit (A260/280) von 1,8–2,0. Die Amplikons dürfen keine TruSeq-Adaptersequenz enthalten.
Amplikons auf MiSeq:
Reichen Sie mindestens 25 µL gereinigte PCR-Produkte mit einer Größe von 300–570 bp ein, mit einer Konzentration von > 1 ng/µL und einer Reinheit (A260/280) von 1,8–2,0. Die Amplicons müssen TruSeq-Adaptersequenzen enthalten.
Die Proben können in RNase-, DNase- und proteasefreiem Wasser, EB- oder niedrigem TE-Puffer vorliegen.
Bitte beachten Sie auch auch die Probenvorbereitungsinformationen in den allgemeinen FAQs, um weitere Informationen zu organisatorischen Themen und zur Vorbereitung Ihrer Proben vor dem Versand an unsere Standorte zu erhalten.