Es gibt viele Faktoren, die die Ausbeute beeinflussen können. Vorallem liegt es an der Oligolänge und an der Sequenz selbst (Basenkomposition).
Einer der Hauptgründe warum für das gleiche Oligo verschiedene Ausbeuten entstehen können, ist das Befüllen und Beladung der Synthesesäule mit CPG (controlled pore glass) Material, das für den Start der Synthese gebraucht wird. Die Mindestmenge an verwendetem CPG Material bezieht sich auf den Synthesemaßstab. Da aber Mengenschwankungen beim Befüllen nicht auszuschließen sind, kann es zu unterschiedlichen Ausbeuten kommen.