Das siRNA-Design-Tool von Eurofins Genomics ist eine eigens entwickelte Software, mit der Sie die am besten funktionierende siRNA für Ihr Gen von Interesse auswählen können.Das siRNA Desgin Tool analysiert die eingegebene DNA oder RNA Sequenz und ermittelt die optimalen siRNAs basierend auf den beschriebenen Kriterien von Tuschl et al., Reynolds et al., Ui-Tei et al. und Vert Jp at al. (Für mehr Informationen dazu klicken Sie bitte
hier)Zur Ermittlung der optimalen siRNAs müssen bestimmte Parameter für den Design und der siRNA Sequenzen berücksichtigt werden. Diese
Einstellungen sind bereits als Standard vordefiniert. Sie können entweder diese Werte für das Design verwenden oder entsprechende Parameter für eine individuelle Analyse verändern.
ZielsequenzKopieren Sie die Zielsequenz aus Ihrer externen Quelle in das Textfeld. Die Zielsequenz kann entweder als DNA oder RNA Sequenz oder im FASTA Format (beginnt mit einem ">" gefolgt von einem Namen) eingegeben werden. Zeilenumbrüche und Leerzeichen sind erlaubt.
Design ParameterDas Design Tool verwendet standardmäßig die komplett eingegebene Zielsequenz. Sie können aber auch eine bestimmte Region für das Design der Primer definieren indem Sie die Anfangs- und Endposition festlegen. Die mRNA-Motive sind die Suchmuster auf der mRNA, die verwendet werden, um geeignete siRNA-Zielstellen zu finden.Die Eingabe ist die DNA-Codierungssequenz (cds). Sie können ein einzelnes Motiv oder eine Mischung aller Motive auswählen (empfohlen).
Design AusschlußA-, G-, C- und T- resp. U-Stretches (dieselben 3 Nukleotide in Folge) sollten bei dem Design der siRNA Sequenz ausgeschlossen werden. Eine RNA-Base (U) am 3'-Ende der siRNA-Sequenz wird ebenfalls nicht empfohlen. Diese Ausschlüsse sind bereits als Standard für den Design festgelegt.
Klicken Sie auf den "Design siRNA" Button, um eine Liste der geiegnetsten siRNAs zu erhalten. Die beste siRNA ist höchstwahrscheinlich die, mit den höchsten Scores. Die ausgewählten siRNA-Sequenzen können direkt online bestellt werden.